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[Stan] 分散を階層化したモデル [統計]

分散を階層化したモデルのメモ。

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Stan example models/BPA 2.13化 [統計]

先日の Bayesian Population Analysis using WinBUGS のStan移植版の更新ですが、Stan 2.13で導入されたcompound declarationもとりいれて完了しました。

stan-dev/example-models/BPA

12.3節のN-mixutureモデルをを二変量ポアソンモデルで実装しなおしたのが、もっとも効率があがったところです。



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[Stan] 2回測定のN-mixture model, bivariate Poisson distribution (2) [統計]

きのうのモデルですが、Stan組込みの確率質量関数をつかった方が、理解しやすくて、さらに はやいようなので、そのようにしました。

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[Stan] 2回測定のN-mixture model, bivariate Poisson distribution [統計]

ある生物の個体数を測定するとします。調査箇所数がRで、調査箇所iの個体数Niは、平均λのポアソン分布にしたがうとします。各調査地でT回の観測をおこないます。検出確率をpとすると、調査箇所it回目の観測数はbinominal(Ni, p)にしたがいます。すなわち
Ni ~ Poisson(λ)
Yi,t ~ Binomial(Ni, p)
こうしたデータからλpを推定します。

Stanでは離散パラメーターがあつかえないので、Nを周辺化してモデリングしていましたが、multivariate Poisson分布でモデリングできるというので、そちらで実装してみました。ただし、ここではT=2とします。

参考にしたところ

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Stan example models/BPA の 2.10化 [統計]

stan-dev/example-models/BPAのモデルを2.10記法に更新する作業をボチボチとはじめました。ついでに、効率化もしていこうと思います。

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Stan: distance sampling (2) [統計]

前回のつづきです。今回は、距離データが実際の測定値ではなく、クラスわけした値となっている場合です。

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Stan: distance sampling [統計]

Applied Hierarchical Modeling in Ecology vol.1の8章にあるDistance samplingデータを解析するStanモデルをつくってみました。

Applied Hierarchical Modeling in Ecology: Analysis of distribution, abundance and species richness in R and BUGS: Volume 1:Prelude and Static Models

Applied Hierarchical Modeling in Ecology: Analysis of distribution, abundance and species richness in R and BUGS: Volume 1:Prelude and Static Models

  • 作者: Marc Kery
  • 出版社/メーカー: Academic Press
  • 発売日: 2015/12/10
  • メディア: ハードカバー

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農研機構統計研修「ベイジアンMCMCによる統計モデル」 [統計]

農研機構統計集合研修「数理統計(応用編)」で、「ベイジアンMCMCによる統計モデル」と題して話してきました。みなさま、おつかれさまでした。

テキストおよび例題ファイル1式はGitHub - naro_toukeiに置いておきました。みつかったバグも修正してあります。

教訓: WindowsのRStudioは64ビット版をつかうべし。【追記: と思ったのですが、ダウンロードページをみると、Windowsには64ビット版がない?】

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コロプレス図をかいてみる [統計]

地理データをRで可視化:コロプレス図」をよんで、そういえば「R: ggplot2でGISデータを表示する」ということをやったことがあったな、こういう図は「コロプレス図」というのだな、岩波データサイエンスVol.4にもあったな、ということで、ひさしぶりにやってみたメモです。

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タグ:R QGIS
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Stan: カテゴリカル分布とポアソン分布の混合分布モデル [統計]

カテゴリカル分布とポアソン分布の混合分布モデル。とりあえずメモ。

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