So-net無料ブログ作成

不等分散のときのKruskal-Wallis検定 [統計]

不等分散のときに、Kruskal-Wallis検定が正しい結果をかえすか、ためしてみました。検索してみると、不等分散のときはKruskal-Wallis、みたいなことが かかれているところも みつかるもので。

続きを読む


タグ:R
nice!(1)  コメント(0) 
共通テーマ:日記・雑感

Dockerでjupyter-notebookでMXNet [統計]

DockerでMXNetをさわってみようとおもったが、純正のmxnet/pythonではターミナルから使うようになっているみたい。

ということで、continuumio/anaconda3をインストールして、jupyter-notebookからTerminalでmxnetをインストールした。

とりあえず、これでつかえるみたい。

タグ:Python Docker MXNet
nice!(2)  コメント(0) 
共通テーマ:日記・雑感

R: 「有意差」がでるまで観測をふやすシミュレーション [統計]

「有意差」がでるまで観測をふやしていくと、どのくらい「有意」になるのかをシミュレーションでやってみました。

続きを読む


タグ:R
nice!(4)  コメント(0) 
共通テーマ:日記・雑感

R: Brunner-Munzel検定をためす [統計]

先日の生態学会の粕谷さんの講演でも ふれられていましたが、不等分散のときにMann-WhitneyのU検定(Wilcoxonの順位和検定)をしている例はわりとよく目にします(不等分散のときにつかえない理由はKuboLog 2005-01-29など)。

そういうわけで、Brunner-Munzel検定をためしてみました。やっていることはhoxo_mさんの「マイナーだけど最強の統計的検定 Brunner-Munzel 検定」の後追いです。purrrの練習かもしれません。

続きを読む


タグ:R
nice!(2)  コメント(0) 
共通テーマ:日記・雑感

R: グレースケールでの出力 [統計]

きのうの生態学会自由集会で久保さんから質問のあった、グラフのグレースケール出力をためしてみました。ついでにCMYK出力もためしてみました。

library(ggplot2)

# http://www.cookbook-r.com/Graphs/Colors_(ggplot2)/
# The palette with grey:
cbPalette <- c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9", "#009E73",
               "#F0E442", "#0072B2", "#D55E00", "#CC79A7")

data(iris)
p <- ggplot(iris) +
  geom_histogram(aes(Sepal.Length, fill = Species),
                 binwidth = 0.5) +
  scale_fill_manual(values = cbPalette)

ggsave("ggsave.pdf", plot = p, device = "pdf",
       width = 12, height = 8, units = "cm")

pdf("ggplot-grey.pdf", width = 12 / 2.54, height = 8 / 2.54,
    colormodel = "grey")
print(p)
dev.off()

pdf("ggplot-cmyk.pdf", width = 12 / 2.54, height = 8 / 2.54,
    colormodel = "cmyk")
print(p)
dev.off()

こういうグラフになります。
ggsave.png

結果です。

このパレットでは、グレースケールでは区別がつきにくくなってしまいました。標準のPDFデバイスでの出力なので、日本語フォントを使用するには ちょっと工夫がいります。


nice!(1)  コメント(0) 
共通テーマ:日記・雑感

Stan: 欠測値のある隠れマルコフモデル [統計]

欠測値のある隠れマルコフモデルのコードをStanでかいてみました。

続きを読む


タグ:STAn
nice!(2)  コメント(0) 
共通テーマ:日記・雑感

Stan: はずれ値をあつかう [統計]

『ベイズモデリングの世界』講義3の はずれ値のモデルをStanでやってみました。

続きを読む


タグ:STAn
nice!(1)  コメント(0) 
共通テーマ:日記・雑感

SappoRo.R #8に いってきました [統計]

SappoRo.R #8へいってきました。ということで、メモです。

@daihikoさんの初心者向けワークショップ
  • psychパッケージのcorr.test()は、総当たりで相関係数とp値を出力できる。
  • corrplotパッケージで相関係数を可視化。
  • compute.esパッケージで効果量の計算ができる。


@R_beginnerさん「超音波画像を用いた肝脂肪の定量化
  • 超音波エコー(US)画像から肝腎コントラストを計測するShinyアプリを作成。
  • image_ocr()関数でOCR。
  • 参照クラスを利用して、Shinyコードの可読性を高める。


@Kimihira0120さん「学校のいじめをglmmTMBで分析してみた」
  • glmmTMBパッケージで、ゼロ過剰のGLMMの最尤推定ができる。


@kazutanさん「ログデータ処理で始めるlubridate入門
  • lubridateパッケージ。日時データをあつかう。
  • ymd(), dmy(), mdy()などの関数で、日付文字列を日付データに変換。
  • hms()関数で、時刻文字列を時刻データに。
  • ymd_hms()関数で、日付時刻文字列を日時データに。
  • group_by()と組み合わせてデータ処理。
  • 期間データはperiodオブジェクト。days()で日単位の期間。
  • interval(start = ymd(...), end = ymd(...))で、指定した期間のデータ。
  • filter(stamp %within% target_interval)とかできる。


@fuuuumin314さん「動くggplot2!」
  • gganimateパッケージでアニメーション。


@ozapro18さんからR Bootcampの案内

自分の発表「R MarkdownとBeamerでプレゼンテーション資料作成」の資料は下の場所にあります。


SappoRo.R #8では、PowerPointによる発表が皆無でした。R Markdown最強。
タグ:R SappoRo.R
nice!(2)  コメント(0) 
共通テーマ:日記・雑感

スタイン推定量を計算してみた [統計]

『ベイズモデリングの世界』講義1にでてくるスタイン推定量を計算してみて、誤差平方和の期待値がちいさくなることを確認してみたメモです。

続きを読む


タグ:R 統計学
nice!(3)  コメント(0) 
共通テーマ:日記・雑感

Stan: ガウス過程をためしてみたメモ(2) [統計]

こんどは、2次元の入力に対するクラス分類をためしてみました。

続きを読む


タグ:STAn
nice!(1)  コメント(0) 
共通テーマ:日記・雑感