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Stan example models/BPA の 2.10化 [統計]

stan-dev/example-models/BPAのモデルを2.10記法に更新する作業をボチボチとはじめました。ついでに、効率化もしていこうと思います。

タグ:STAn
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Stan: distance sampling (2) [統計]

前回のつづきです。今回は、距離データが実際の測定値ではなく、クラスわけした値となっている場合です。

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タグ:STAn
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Stan: distance sampling [統計]

Applied Hierarchical Modeling in Ecology vol.1の8章にあるDistance samplingデータを解析するStanモデルをつくってみました。

Applied Hierarchical Modeling in Ecology: Analysis of distribution, abundance and species richness in R and BUGS: Volume 1:Prelude and Static Models

Applied Hierarchical Modeling in Ecology: Analysis of distribution, abundance and species richness in R and BUGS: Volume 1:Prelude and Static Models

  • 作者: Marc Kery
  • 出版社/メーカー: Academic Press
  • 発売日: 2015/12/10
  • メディア: ハードカバー

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タグ:STAn
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農研機構統計研修「ベイジアンMCMCによる統計モデル」 [統計]

農研機構統計集合研修「数理統計(応用編)」で、「ベイジアンMCMCによる統計モデル」と題して話してきました。みなさま、おつかれさまでした。

テキストおよび例題ファイル1式はGitHub - naro_toukeiに置いておきました。みつかったバグも修正してあります。

教訓: WindowsのRStudioは64ビット版をつかうべし。【追記: と思ったのですが、ダウンロードページをみると、Windowsには64ビット版がない?】

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コロプレス図をかいてみる [統計]

地理データをRで可視化:コロプレス図」をよんで、そういえば「R: ggplot2でGISデータを表示する」ということをやったことがあったな、こういう図は「コロプレス図」というのだな、岩波データサイエンスVol.4にもあったな、ということで、ひさしぶりにやってみたメモです。

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タグ:R QGIS
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Stan: カテゴリカル分布とポアソン分布の混合分布モデル [統計]

カテゴリカル分布とポアソン分布の混合分布モデル。とりあえずメモ。

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タグ:STAn
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SappoRo.R #7 にいってきました [統計]

SappoRo.R #7にいってきました。みなさん、ありがとうございました。

個人的には、dplyrstringrのとっかかりができたのと、magickcartographyパッケージの存在を知ったのと、Dockerがすごいということがわかりました。

自分の発表資料一式はgithubのリポジトリにおいてあります。マニアックすぎてすみませんでした。

タグ:R
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R: Hurst exponentを計算させてみた [統計]

Hurst exponentというものを計算させてみました。時系列データの長期記憶性の指数ということらしいです。おもに参考にしたのは以下のところです。

Hurst exponentを計算する関数をもつパッケージはいくつかありますが、今回は{pracma}を使用しました。ほかに、{fractal}や{dvfBm}というのもありましたが、たぶん使い方がよくわかっていないせいで、おかしな値がでてきたりしましたので。

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タグ:R
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ZIPモデルのWAICを計算してみた [統計]

ゼロ過剰ポアソン(Zero-Infrated Poisson; ZIP)モデルでWAICを計算させてみました。ついでに、ポアソン分布と、負の二項分布とも比較してみました。

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タグ:STAn WAIC
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Stan: sparse CARをためす [統計]

Statistical Modeling, Causal Inference, and Social Science の記事“Fast CAR: Two weird tricks for fast conditional autoregressive models in Stan”で紹介されていた Max JosephさんによるCARモデルのStanへの実装をためしてみました。このモデルは、Stan公式サイトのCase studiesにも掲載されています(Exact sparse CAR models in Stan)。

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タグ:STAn
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