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塚腰実・岡野浩『メタセコイアと文化創造』 [本]

honto.jpにて購入。

メタセコイアと文化創造
メタセコイアと文化創造—植物的ボタニカル社会デザインへの招待—
塚腰 実・岡野 浩(編著), 大阪公立大学共同出版会, 2015
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萩原淳一郎『基礎からわかる時系列分析』 [本]

技術評論社さまからおおくりいただきました。

萩原淳一郎・瓜生真也・牧山幸史(著)石田基広(監訳)
『基礎からわかる時系列分析—Rで実践するカルマンフィルタ・MCMC・粒子フィルタ』
技術評論社

目次
まえがき
第1章 はじめに
第2章 確率・統計に関する基礎
第3章 Rで時系列データを扱う際の基礎
第4章 時系列分析ひとめぐり
第5章 状態空間モデル
第6章 状態空間モデルにおける状態の推定
第7章 線形・ガウス型状態空間モデルの一括解法
第8章 線形・ガウス型状態空間モデルの逐次解法
第9章 線形・ガウス型状態空間モデルにおける代表的な成分モデルの紹介と分析例
第10章 一般状態空間モデルの一括解法
第11章 一般状態空間モデルの逐次解法
第12章 一般状態空間モデルにおける応用的な分析例
付録A Rの利用方法
付録B 確率分布に関する関数
付録C Rと連携して動作するライブラリ・外部ソフトウェア
付録D ライブラリdlm
付録E 状態空間モデルにおける条件付き独立性に関する補足
付録F 線形・ガウス型状態空間モデルにおける記号の割り当て
付録G アルゴリズム導出に関する情報
付録H ライブラリによる粒子フィルタリングの実行
あとがき
参考文献
索引

主著者は萩原さんで、瓜生さんと牧山さんがそれぞれ付録A、Bの執筆です。

目次をみてもわかるように非常に丁寧に、また題名のとおり、基礎から解説されています。数式だけではなく、コードも多いので、自分で例題を動作させて結果を確認しつつ、学習することができるでしょう。



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R: Brunner-Munzel検定をためす [統計]

先日の生態学会の粕谷さんの講演でも ふれられていましたが、不等分散のときにMann-WhitneyのU検定(Wilcoxonの順位和検定)をしている例はわりとよく目にします(不等分散のときにつかえない理由はKuboLog 2005-01-29など)。

そういうわけで、Brunner-Munzel検定をためしてみました。やっていることはhoxo_mさんの「マイナーだけど最強の統計的検定 Brunner-Munzel 検定」の後追いです。purrrの練習かもしれません。

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タグ:R
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2018日本生態学会大会5日目

最終日。

IMG_4391.jpg

午前は、「機械学習が切り開く新しい生態学の世界」。きのうの「ディープラーニングが革新する生態学」は画像のピクセル分類の話題でしたが、こちらはそれ以外のいろいろな応用例でした。きのうの伊勢さんは、機械学習は手法とわりきっておられたようでしたが、たしかにエンドユーザーとしては やはり手法は手法として、過剰に期待したり敬遠したりしないのがよいような、というところ。

午後は、公開講演会。個人的には、クジラの死体の骨を食べるホネクイハナムシが興味ぶかいところでした。たしかにそういう生物がいないと、深海底はクジラの骨だらけになるかも。

あと、一般向け講演ではやはり動画があるとよいような気がしました。植物ではむずかしいのですが。


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2018日本生態学会大会4日目 [仕事]

午前は、総会・授賞式など。来年の大会からは、企画集会がなくなり、自由集会が公式プログラムになるなど。

昼は自分のポスター発表。観測モデルの切断正規分布はやはり問題あり。

午後は受賞講演。シジュウカラの言語については何回か きいているが、やはり興味ぶかい。

夜は自由集会「ディープラーニングが革新する生態学」。数年もしたら、生態学でもディープラーニングが普通の方法になっているかも、と。ただし、方法は方法なので、うまくいかすような研究課題が必要、と。

きょうのかいもの

ネイチャーガイド 琉球の樹木—奄美・沖縄〜八重山の亜熱帯植物図鑑—, 大川智史・林将之, 文一総合出版, 2016
そのうち、いくこともあるかと。


ダニ・マニア チーズをつくるダニから巨大ダニまで《増補改訂版》, 島野智之, 八坂書房, 2015


タグ: 生態学会
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2018日本生態学会大会3日目 [仕事]

午前は、「生態学における統計教育:計算より概念と考え方」へ。計算ができたら統計解析ができたと思うのは、自然観察会で種名を教わったらそれで満足するのと同じとか、科学哲学からみた統計学とか、FisherとNeyman-Pearsonの原典にあたって、その対立をさぐるとか、統計解析の誤用を感染症の伝播のアナロジーで考察するとか。

昼はポスター、午後は、植物個体群とか保全の口頭発表。

夜は、懇親会。生態学会の懇親会ではひさしぶりにしっかりたべられました。シカ肉が豊富でした。

会場での買い物
カエデ識別ハンドブック, 猪狩 貴史, 文一総合出版, 2010

ハエトリグモハンドブック, 須黒達巳, 文一総合出版, 2017

MARUZEN&ジュンク堂札幌店にて

THE BOOK OF CIRCLES 円環大全:知の輪郭を体系化するインフォグラフィックス, マニュエル・リ(著), 三中信宏(監訳), 手島由美子(訳), ビー・エヌ・エヌ新社, 2018


タグ: 生態学会
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2018日本生態学会大会2日目 [仕事]

午前は、企画集会「生態学研究の突破口をもたらす統計モデリング」へ。ボランティアスタッフで会場責任者でした。発表内容はどの講演もよかったです。

昼はポスター会場、午後はあちこちの口頭発表をうろうろ。「UAVを活用したカラマツ等の樹木個体の着果評価手法の検討」では、まだUAV画像の判別にはいたっていないものの、カラマツ球果写真の判別にはランダムフォレストがもっとも成績がよかったとのことでした。

夕方は、「シカ個体数管理の評価のための植生指標の探索」へ。こちらもボランティアスタッフの会場責任者、なのですが、コメントももとめられたりしました。

会場で購入したもの


森林の変化と人類, 中静 透・菊沢 喜八郎 (編), 共立出版, 2018



森林と災害, 中村 太士・菊沢 喜八郎 (編), 共立出版, 2018



北の学芸員とっておきの《お宝ばなし》 北海道で残したいモノ伝えたいコト, 北海道博物館協会学芸職員部会 (編), 寿郎社, 2016


タグ: 生態学会
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R: グレースケールでの出力 [統計]

きのうの生態学会自由集会で久保さんから質問のあった、グラフのグレースケール出力をためしてみました。ついでにCMYK出力もためしてみました。

library(ggplot2)

# http://www.cookbook-r.com/Graphs/Colors_(ggplot2)/
# The palette with grey:
cbPalette <- c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9", "#009E73",
               "#F0E442", "#0072B2", "#D55E00", "#CC79A7")

data(iris)
p <- ggplot(iris) +
  geom_histogram(aes(Sepal.Length, fill = Species),
                 binwidth = 0.5) +
  scale_fill_manual(values = cbPalette)

ggsave("ggsave.pdf", plot = p, device = "pdf",
       width = 12, height = 8, units = "cm")

pdf("ggplot-grey.pdf", width = 12 / 2.54, height = 8 / 2.54,
    colormodel = "grey")
print(p)
dev.off()

pdf("ggplot-cmyk.pdf", width = 12 / 2.54, height = 8 / 2.54,
    colormodel = "cmyk")
print(p)
dev.off()

こういうグラフになります。
ggsave.png

結果です。

このパレットでは、グレースケールでは区別がつきにくくなってしまいました。標準のPDFデバイスでの出力なので、日本語フォントを使用するには ちょっと工夫がいります。


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2018日本生態学会大会1日目 [仕事]

第65回日本生態学会大会は札幌で。自宅からかよえる学会です。

初日は、自由集会W07「データ解析で出会う統計的問題: R の新しい作図・作表」で、「ggplot2をつかってみる」という発表をしました。わりといろいろ つめこんだのですが、コードも公開しているので、あとでいろいろためしてみられるとよろしいでしょう。

この自由集会の後半は、岩嵜航さん講演で、tidy dataへの変換や、そのデータ処理の方法を紹介していただけました。いろいろ参考になりました。
タグ:生態学会
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Stan: 欠測値のある隠れマルコフモデル [統計]

欠測値のある隠れマルコフモデルのコードをStanでかいてみました。

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タグ:STAn
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