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[Stan] データのばらつきにランダム効果があるモデル [統計]

データのばらつきにランダム効果があるモデルというものをかんがえてみました。

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タグ:R STAn
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都道府県別のナラ枯れ被害材積の推移 [統計]

都道府県別のナラ枯れ被害材積の推移(2008〜2017年度)を森林・林業白書から抜きだしてまとめました。figshareに置いておきます。
doi: 10.6084/m9.figshare.9741125.v1

このデータを使うRコードのサンプルです。日本地図の作図にはu_riboさんのコードを参考にしました。

【修正2019-08-29 8:00JST】値のスケールがまちがっていたのを修正しました。

出力例です。

map2010.png
2010年の都道府県別被害材積

map2017.png
2017年の都道府県別被害材積

タグ:R
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[Stan] カテゴリカル分布へのあてはめと事後予測チェック [統計]

ベータ分布を任意の切断点で分割して、分割された面責に応じた確率でカテゴリカル分布を生成するというデータに対し、Stanでモデルをあてはめ、bayesplotパッケージで事後予測チェック (Posterior Predictive Check) をやってみました。



結果です。データを生成したモデルをあてはめているので、ちゃんとあてはまっています。

000002.png

タグ:STAn
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Stan: 丸めた値をあつかう [統計]

整数などに丸めた値から、元の値を推定するStanのモデルです。R Notebook形式ですが、Stanのコードは6.1 Bayesian Measurement Error Modelにあるコードそのままです。

事後分布はそれなりにひろいのですが、事後平均はわりといいかんじになっています。 まぬけなことに与えるデータをまちがえていました。まあ、それなりでした。
Rplot01.png


タグ:STAn
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SappoRo.R #9 [統計]

SappoRo.R #9に参加してきました。みなさんありがとうございました。

発表資料です。

タグ:R ggplot2
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共通の分母で割り算して対数を取った値同士の相関 [統計]

生態学にありがちな、共通の変数で割り算して対数を取った変数同士の相関(log(葉面積あたりの○○)とlog(葉面積あたりの××)とか)を考えてみました。対数値としては、共通の変数をひいてやったことになります。

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タグ:R STAn
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Stan: 階層距離標本抽出モデル [統計]

Kéry and Royle (2016) “Advanced Hierarchical Modeling in Ecology”の8.5.2節、階層距離標本抽出モデルのうち、距離がビンに分割されているデータの方のモデルをStanに移植してみました。

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タグ:STAn
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Stan:「クネクネ」した関係をガウス過程で推定する [統計]

Kéry and Royle (2016)の10.14節にある「クネクネ」した(wiggly)関係の推定をStanをつかってガウス過程でやってみました。元ネタでは、在/不在データをさらに検出/不検出するというデータになっていますが、ここではひとまず在/不在の部分だけをあつかっています。

  • Kéry M. and Royle J.A. (2016) "Applied Hierarchical Modeling in Ecology" Vol.1, Academic Press

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タグ:R STAn
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R: geom_sf()をためしてみた [統計]

おくればせながら、ggplot2 3.0のgeom_sf()で地図をかいてみました。

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タグ:R
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ポアソン分布のデータに負の二項分布をあてはめてみるテスト [統計]

ポアソン分布のデータに負の二項分布をむりやりあてはめてみたテストです。

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