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Stan: 丸めた値をあつかう [統計]

整数などに丸めた値から、元の値を推定するStanのモデルです。R Notebook形式ですが、Stanのコードは6.1 Bayesian Measurement Error Modelにあるコードそのままです。

事後分布はそれなりにひろいのですが、事後平均はわりといいかんじになっています。 まぬけなことに与えるデータをまちがえていました。まあ、それなりでした。
Rplot01.png


タグ:STAn
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SappoRo.R #9 [統計]

SappoRo.R #9に参加してきました。みなさんありがとうございました。

発表資料です。

タグ:R ggplot2
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共通の分母で割り算して対数を取った値同士の相関 [統計]

生態学にありがちな、共通の変数で割り算して対数を取った変数同士の相関(log(葉面積あたりの○○)とlog(葉面積あたりの××)とか)を考えてみました。対数値としては、共通の変数をひいてやったことになります。

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タグ:R STAn
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Stan: 階層距離標本抽出モデル [統計]

Kéry and Royle (2016) “Advanced Hierarchical Modeling in Ecology”の8.5.2節、階層距離標本抽出モデルのうち、距離がビンに分割されているデータの方のモデルをStanに移植してみました。

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タグ:STAn
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Stan:「クネクネ」した関係をガウス過程で推定する [統計]

Kéry and Royle (2016)の10.14節にある「クネクネ」した(wiggly)関係の推定をStanをつかってガウス過程でやってみました。元ネタでは、在/不在データをさらに検出/不検出するというデータになっていますが、ここではひとまず在/不在の部分だけをあつかっています。

  • Kéry M. and Royle J.A. (2016) "Applied Hierarchical Modeling in Ecology" Vol.1, Academic Press

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タグ:R STAn
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R: geom_sf()をためしてみた [統計]

おくればせながら、ggplot2 3.0のgeom_sf()で地図をかいてみました。

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タグ:R
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ポアソン分布のデータに負の二項分布をあてはめてみるテスト [統計]

ポアソン分布のデータに負の二項分布をむりやりあてはめてみたテストです。

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タグ:STAn
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R: KFASでオフセット項をあつかう [統計]

KFASではオフセット項もあつかえるとマニュアルにあったので、確認してみました。

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タグ:R KFAS
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Stan: 悪い例2題 [統計]

Stanで(に限らず)うまく推定できない、というより、モデルがまちがっているという例です。

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タグ:R STAn
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R: NIMBLEをためす [統計]

ちょっとNIMBLEをためしてみました。

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タグ:R Nimble
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