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共通の分母で割り算して対数を取った値同士の相関 [統計]

生態学にありがちな、共通の変数で割り算して対数を取った変数同士の相関(log(葉面積あたりの○○)とlog(葉面積あたりの××)とか)を考えてみました。対数値としては、共通の変数をひいてやったことになります。

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Stan: 階層距離標本抽出モデル [統計]

Kéry and Royle (2016) “Advanced Hierarchical Modeling in Ecology”の8.5.2節、階層距離標本抽出モデルのうち、距離がビンに分割されているデータの方のモデルをStanに移植してみました。

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Stan:「クネクネ」した関係をガウス過程で推定する [統計]

Kéry and Royle (2016)の10.14節にある「クネクネ」した(wiggly)関係の推定をStanをつかってガウス過程でやってみました。元ネタでは、在/不在データをさらに検出/不検出するというデータになっていますが、ここではひとまず在/不在の部分だけをあつかっています。

  • Kéry M. and Royle J.A. (2016) "Applied Hierarchical Modeling in Ecology" Vol.1, Academic Press

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R: geom_sf()をためしてみた [統計]

おくればせながら、ggplot2 3.0のgeom_sf()で地図をかいてみました。

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ポアソン分布のデータに負の二項分布をあてはめてみるテスト [統計]

ポアソン分布のデータに負の二項分布をむりやりあてはめてみたテストです。

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R: KFASでオフセット項をあつかう [統計]

KFASではオフセット項もあつかえるとマニュアルにあったので、確認してみました。

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タグ:R KFAS
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Stan: 悪い例2題 [統計]

Stanで(に限らず)うまく推定できない、というより、モデルがまちがっているという例です。

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R: NIMBLEをためす [統計]

ちょっとNIMBLEをためしてみました。

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経県マップをRでプロットする [統計]

経県マップはFlashを使用していて、自分はもうFlashをインストールしていないので、QGISで地図を作成していたりしましたが、もっとお手軽にできるようにRスクリプトをかきました。谷村さんのNipponMapパッケージを使用しています。



Rplot01.png

経県値は184です。

オリジナルとは、色が違っていたりするのですが、そのあたりは調整してみてください。

【2018-06-23 追記】
データが間違っていたのを修正しました。なお、本家経県値のサイトもFlashからSVGに変更されています。→生涯経県値
タグ:R
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