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R: NIMBLEをためす [統計]

ちょっとNIMBLEをためしてみました。

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タグ:R Nimble
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経県マップをRでプロットする [統計]

経県マップはFlashを使用していて、自分はもうFlashをインストールしていないので、QGISで地図を作成していたりしましたが、もっとお手軽にできるようにRスクリプトをかきました。谷村さんのNipponMapパッケージを使用しています。



Rplot01.png

経県値は184です。

オリジナルとは、色が違っていたりするのですが、そのあたりは調整してみてください。

【2018-06-23 追記】
データが間違っていたのを修正しました。なお、本家経県値のサイトもFlashからSVGに変更されています。→生涯経県値
タグ:R
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不等分散のときのKruskal-Wallis検定 [統計]

不等分散のときに、Kruskal-Wallis検定が正しい結果をかえすか、ためしてみました。検索してみると、不等分散のときはKruskal-Wallis、みたいなことが かかれているところも みつかるもので。

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タグ:R
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Dockerでjupyter-notebookでMXNet [統計]

DockerでMXNetをさわってみようとおもったが、純正のmxnet/pythonではターミナルから使うようになっているみたい。

ということで、continuumio/anaconda3をインストールして、jupyter-notebookからTerminalでmxnetをインストールした。

とりあえず、これでつかえるみたい。

タグ:Python Docker MXNet
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R: 「有意差」がでるまで観測をふやすシミュレーション [統計]

「有意差」がでるまで観測をふやしていくと、どのくらい「有意」になるのかをシミュレーションでやってみました。

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タグ:R
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R: Brunner-Munzel検定をためす [統計]

先日の生態学会の粕谷さんの講演でも ふれられていましたが、不等分散のときにMann-WhitneyのU検定(Wilcoxonの順位和検定)をしている例はわりとよく目にします(不等分散のときにつかえない理由はKuboLog 2005-01-29など)。

そういうわけで、Brunner-Munzel検定をためしてみました。やっていることはhoxo_mさんの「マイナーだけど最強の統計的検定 Brunner-Munzel 検定」の後追いです。purrrの練習かもしれません。

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タグ:R
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R: グレースケールでの出力 [統計]

きのうの生態学会自由集会で久保さんから質問のあった、グラフのグレースケール出力をためしてみました。ついでにCMYK出力もためしてみました。

library(ggplot2)

# http://www.cookbook-r.com/Graphs/Colors_(ggplot2)/
# The palette with grey:
cbPalette <- c("#999999", "#E69F00", "#56B4E9", "#009E73",
               "#F0E442", "#0072B2", "#D55E00", "#CC79A7")

data(iris)
p <- ggplot(iris) +
  geom_histogram(aes(Sepal.Length, fill = Species),
                 binwidth = 0.5) +
  scale_fill_manual(values = cbPalette)

ggsave("ggsave.pdf", plot = p, device = "pdf",
       width = 12, height = 8, units = "cm")

pdf("ggplot-grey.pdf", width = 12 / 2.54, height = 8 / 2.54,
    colormodel = "grey")
print(p)
dev.off()

pdf("ggplot-cmyk.pdf", width = 12 / 2.54, height = 8 / 2.54,
    colormodel = "cmyk")
print(p)
dev.off()

こういうグラフになります。
ggsave.png

結果です。

このパレットでは、グレースケールでは区別がつきにくくなってしまいました。標準のPDFデバイスでの出力なので、日本語フォントを使用するには ちょっと工夫がいります。


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Stan: 欠測値のある隠れマルコフモデル [統計]

欠測値のある隠れマルコフモデルのコードをStanでかいてみました。

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タグ:STAn
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Stan: はずれ値をあつかう [統計]

『ベイズモデリングの世界』講義3の はずれ値のモデルをStanでやってみました。

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タグ:STAn
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